Ma’had Abu Hurairah memiliki 3 Program Madrasah yang bisa menjadi pilihan para santri yang akan mendaftar, ketiga pilihan program ini dikelola dengan baik dan diawasi langsung Yayasan Al’Adzkiya Rantauprapat, adapun Program tersebut antara lain:
- Tahfidz Unggulan
- Boarding School
- Full Day School
